瞿昙寺历史悠久，总体建筑布局雷同于北京故宫，有“小故宫”之称。建筑格局为前、中、后三进院落，其中轴线上依次排列有山门、金刚殿、瞿昙殿、宝光殿和隆国殿等主体建筑，依山势逐层升高，两侧对称地建有御碑亭、小钟鼓楼、壁画回廊、宝塔、配殿、经堂、大钟鼓楼等。布局规范，高低错落有致。形式各异的殿堂，石绿色装饰的彩画，古朴浑厚的斗拱，体现了典型的明代建筑艺术风格。

      在这些建筑中，隆国殿是全寺最具代表性，最高大壮观的建筑。重檐庑殿式屋顶，建筑面积912平方米，建于2米多高的花岗岩台基之上，飞檐翘角，雕梁画栋，气势雄伟，富丽堂皇。

　　瞿昙寺珍藏有十分丰富的文物，琳琅满目，不胜枚举。弥足珍贵者如明皇帝所赐的御碑，明清时的十多方匾额，御制的金印、银印、铜印、象牙图章、象牙佛珠、檀香木佛珠，石雕米拉日巴像，明青铜巨钟等。寺内约800平方米的壁画，在国内藏传佛教壁画中历史最为久远。寺内的画廊在当地民间被称为“七十二间走水厅”，由中殿(宝光殿)开始，自两侧拾级而上，有斜廊相接，连檐通脊，高低错落有方，下有排水暗道，为瞿昙寺建筑艺术中最具特色的建筑之一。画廊内壁画面积有370多平方米，描绘了释迦牟尼从降生到圆寂的生平经历，画技高超，层次分明，生活气息浓厚。画面采用矿石颜料绘制，虽经600多年风雨，仍艳丽如新。

　　瞿昙寺依山傍水，雄伟壮观，其内涵丰富的建筑艺术，佛教艺术，雕塑艺术和绘画艺术吸引着成千上万的信士和旅游宾客前来朝佛，旅游观光。